El Municipio de Roberto Payan fue fundado por el señor  Ignacio Gómez en el año de 1.730 con el nombre de San José de las Lagunas y en el año de 1.733 fue decretado municipio mediante ordenanza número 27, en el momento San José se constituye en su cabecera municipal con 60 veredas. Su actividad principal desde la época de la colonia era la explotación aurífera atrayendo a colonizadores por su gran riqueza mineral desde los siglos XVI y XVII, sin embargo progresivamente ha ido perdiendo espacio para ser reemplazado por actividades agrícolas y forestales.